Devido sobretudo à sua localização geográfica no Atlântico, teoricamente a meio caminho entre a Europa e a América, os Açores são local de paragem obrigatória para muitas aves migratórias que, nas suas longas travessias transatlânticas, aproveitam para descansar, não só nas lagoas e costas das ilhas açorianas, mas também na maioria dos ilhéus que as rodeiam, nidificando mesmo algumas delas nesses locais.

Embora os Açores não possuam uma fauna endémica no verdadeiro sentido da palavra, espécies há que, pelo isolamento geográfico das ilhas, nelas se adaptaram e, por isso, apresentam características próprias, essencialmente de coloração, tamanho e formas, que as distinguem, constituindo mesmo algumas delas, subespécies da Região. O célebre Cão de fila de São Miguel é um óptimo condutor de rebanhos e familiar presença na paisagem micaelense.

É um cão rústico, forte, pernoita ao ar livre todo ano, é inteligente, leal, obediente, morde sempre em baixo para não ferir o úbere das vacas. Têm mais ou menos 55cms altura e entre 25-35 kgs, pelo curto e raiado, cabeça quadrada e maxilar muito forte. É um património genético muito importante e foi reconhecido pelo Clube Português de Canicultura em 19/12/84.

Caracterizada pela predominância de espécies da avifauna, na classe das Aves, é de salientar a existência do Priôlo (Pyrrhula pyrrhula murina), espécie endémica dos Açores em tempos considerada extinta, cujo único habitat actualmente conhecido se confina à Serra da Tronqueira, na área do Pico da Vara, ilha de São Miguel.